WebFiles with the trr file extension contain the trajectory of a simulation. In this file all the coordinates, velocities, forces and energies are printed as you told GROMACS in your mdp … WebDescription #. gmx traj plots coordinates, velocities, forces and/or the box. With -com the coordinates, velocities and forces are calculated for the center of mass of each group. When -mol is set, the numbers in the index file are interpreted as molecule numbers and the same procedure as with -com is used for each molecule.

How to manage a trajectory file in GROMACS - Compchems

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